超纯化系统是组成超纯水机重要部分之一，这个系统能保证原水达到进水要求，使系统稳定进行，其中纯化系统又是由混床离子交换纯化柱、EDI装置、除热原超滤膜、紫外线杀菌、终端过滤器五部分构成的。但是表面残留的细菌需要应用反洗功能来进行去除，每天冲洗三次即可。
①混床离子交换纯化柱
这个装置是由阴阳离子按照规定混合到一定比例，超纯水制备装置内部都是用氢离子和氢氧根去置换水中的离子交换场所，在混床树脂中被交换出来的H+和OH-结合生成H2O，因此混床离子交换纯化柱可用来深度去除RO纯水中尚存的微量离子。小型实验室超纯水器中的混床离子交换纯化柱通常为一次性使用。永洁达混床离子交换纯化柱采用原装进口核级混床树脂，其产水电阻率可达18.2MΩ.cm。
②EDI装置
这步主要是这些离子在电压作用下通过离子交换膜高纯水的检测然后被连续去除，这个技术跟以前离子交换过程不一样，而且产出的水都是超纯水，不许任意一种酸碱即可制备的中央ro纯水系统。水质稳定，并将大大降低运行成本，TOC也将更低更稳定。一般公司EDI装置通常的产水电阻率约15~18MΩ.cm。
③除热原超滤膜
这种超滤膜在我国制药行业应用最多，孔径区域是0.01～0.1μm，除热原超滤膜采用截留分子量为5000道尔顿的聚砜膜，可彻底去除水中热原(其最小分子量通常大于7000)及各类微生物。
④紫外线杀菌灯与TOC紫外消解器
紫外线杀菌灯采用254nm波长的紫外线照射杀菌，可有效破坏微生物的DNA分子，使之形成TT两聚体而无法繁殖，是空气、水安全有效的常用灭菌方法。TOC紫外消解器采用可同时产生185nm/254nm双波长的紫外线灯管，其中185nm紫外线在空气中可产生臭氧而杀菌除味，在水中会产生氢氧自由基，可将纯水中微量有机物迅速氧化为CO2，达到去除TOC的目的。
⑤终端过滤器
终端过滤器对水中的细菌有着很好的去除效果，尤其是树脂残渣，还有所有微小污染物。
这种设备用于各种分析如微生物学分析、检查室的分析，微生物检查等等，用处非常多，但值得注意的是使用之前要对其清洗，以免表面滋生细菌。
