对于多晶硅超纯水设备微生物的污染，这是复合聚酰胺膜使用中普遍存在的问题，因为聚酰胺膜耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂，加上用户对微生物的预防重视不够，容易导致微生物的污染。目前许多厂家生产的超纯水微生物超标，就是消毒、保养不力造成的。
多晶硅超纯水设备消毒和保养不力导致微生物的污染主要表现为：
出厂时，RO设备没有采用消毒液保养;
设备安装好后没有对整个管路和预处理设备消毒;
间断运行不采取消毒和保养措施;
没有定期对预处理设备和反多晶硅超纯水设备消毒;
保养液失效或浓度不够。
水中的各种杂质、细菌、有机物、离子等物质均对食品品质产生巨大的影响，因此必须经由专业的多晶硅超纯水设备进行深度处理。